根据职责，市审计局内设机构8个:

(一)政秘科

负责局机关政务工作;负责文秘、文电、会务、办公自动化、政务信息、机要、保密、档案、信访、政务公开、保卫和接待工作;负责局机关财务报账和资产管理等行政事务工作;联系特约审计员;负责市审计局职责范围内所有审计项目的综合管理、组织、协调工作,拟定年度审计项目计划;承担审计业务统计工作;负责信息宣传和新闻报道;承担局机关和所属单位的人事劳资及人员队伍管理、机构编制以及审计专业技术职称考评工作;承办协管县市区审计机关负责人有关事项;负责目标责任考核的组织协调工作。

(二)法规审理科

承担审计方面的政府规范性文件的起草工作;研究财政经济方面的法律法规、政策规定，承担执法协调有关具体工作和法制宣传教育工作;承担机关有关规范性文件的合法性审核工作;承担机关行政复议、行政应诉等工作;承担机关审计项目的复核和审理工作;组织实施审计项目质量检查和业务考核;指导全市审计机关的法制工作。

(三)财政金融审计科

组织审计市级预算执行情况、决算草案和其他财政收支以及税收征管情况；审计县市区人民政府预算执行情况、决算草案和其他财政收支情况；审计市属地方金融机构和国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债、损益；审计市财政安排用于经济社会发展的各类专项资金以及转移支付资金；开展相关审计和专项审计调查。

(四)经济责任审计科

组织对市管县处级主要领导干部、国有企事业单位主要领导人员以及县级审计机关主要负责人的经济责任审计。

(五)社会保障审计科

组织审计市政府相关部门、县市区人民政府管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支。

(六)农业与资源环保审计科

组织开展领导干部自然资源资产离任审计以及自然资源管理、污染防治和生态环境保护与修复情况审计；组织审计农业农村、扶贫开发以及其他相关公共资金和建设项目。

(七)企业审计科

组织审计市属国有企业和市政府规定的市级国有资本占控股地位或主导地位企业的资产、负债和损益以及财务收支。

(八)教科文卫审计科

组织审计市政府相关部门及直属单位、县市区政府管理的教科文卫专项资金。